Auditoría Interna es la dependencia encargada de supervisar el manejo del patrimonio, así como los procedimientos y operaciones financieras de la Universidad, además de llevar a cabo la revisión de los procedimientos administrativos para el logro de las metas institucionales. Su titular es designado por el Patronato Universitario.

El Auditor Interno titular a la fecha es el C.P.C. y Mtro. José María Armendáriz Palomares, para quejas y comentarios, favor de dirigir correo electrónico a jarmendariz@uabc.edu.mx anexando la evidencia que considere conveniente.

Para el cumplimiento de sus funciones el Auditor Interno se apoya con dos Departamentos de Auditoría en Rectoría y uno en cada uno de los campus Tijuana y Ensenada.

Departamento de Auditoría Interna Mexicali

Su titular es la Mtra. Claudia Mora Lara, quien es responsable de las revisiones integrales y por área de Mexicali y se apoya con 10 auditores para realizar su función.

Departamento de Seguimiento y Auditorías Especiales

Su titular es el M.F.C. José Ortíz Bautista, quien es el responsable de realizar las revisiones por área y especiales, así como de dar seguimiento a las auditorías practicadas a la UABC por parte de Organismos Externos.

Departamento de Auditoría Interna Campus Tijuana

Actualmente su titular es el M.A. Raúl Felipe Maganda, quien es responsable de las revisiones al Campus Tijuana de la UABC, y se apoya de 5 auditores para realizar sus funciones.

Departamento de Auditoría Interna Campus Ensenada

Actualmente su titular es la C.P. Martha Atondo Valenzuela, quien es responsable de las revisiones al Campus Ensenada de la UABC, y se apoya de 4 auditores para realizar sus funciones.